El futuro de la pandemia se juega en países con muchos contagios y sin capacidad para detectar variantes

¿Una variante de Camerún? ¿con mutaciones similares a otras variantes “preocupantes”? ¿con varios casos detectados en Europa y EE.UU.? Seguramente, todo esto no les suene de nada. Pero es un buen ejemplo de lo que está ocurriendo en el mundo de las variantes y la secuenciación. “Parecía el típico caso que debía hacernos sacar todas las banderas rojas”, dice en Science Sebastien Calvignac-Spencer, biólogo del Instituto Robert Koch cuyo equipo secuenció muestras de esta variante. 

Pero Camerún y sus países vecinos, donde los científicos creen que la variante ya podía ser frecuente, no la detectaron. Habían subido solo 48 genomas a la plataforma de secuencias global, denominada GISAID, y ninguno incluyó la variante. Cuando los científicos que la vieron en otros países buscaron más pistas sobre ella en esa base de datos compartida, no encontraron, así que no pudieron seguir tirando del hilo.

No es la primera vez que ocurre esto, ni será la última. “Claro que pueden estar circulando variantes de las que no tengamos información, que no tengamos controladas… es muy probable”, confiesa Iñaki Comas, biólogo e investigador del CSIC en el Instituto de Biomedicina de Valencia (IBV).

Comas es una de las personas que más sabe de secuenciación en España. Y, desde hace más de un año, quien más de cerca le sigue los pasos al SARS-CoV-2 en nuestro país. Al coronavirus y a todas las variantes que han ido apareciendo después. Hasta el momento, son cuatro las calificadas por la OMS como “preocupantes”: la británica, la sudafricana, la brasileña y la india. Pero pueden ser muchas más.

“No es una locura pensar que en países donde está habiendo mucha transmisión, como India, surjan variantes de interés que estén circulando allí, es muy probable que haya pasado y siga pasando”, advierte Comas. ¿El problema? Que sólo cuando llegan a países con una alta capacidad de secuenciación, como el Reino Unido, somos conscientes de si son o no “preocupantes”. Porque ellos son los mejores a la hora de caracterizarla.

Volviendo al ejemplo de la variante de Camerún, los investigadores creen que lo ocurrido implica una advertencia clara para el mundo: "El esfuerzo de secuenciación en Camerún y otros países africanos no es suficiente", advierte en Science Ahidjo Ayouba, biólogo de la Universidad de Montpellier. Ayouba, camerunés, viajará a su país en breve para configurar el primer secuenciador de próxima generación de que dispondrán.

Pero el problema no es sólo de África. El virus se mueve por todo el mundo, poder vigilarlo en cada paso que da es crucial para todo el planeta. “Es igual que con las vacunas, es un tema global. Hay que reforzar la vigilancia genómica en los países que no tienen la tecnología necesaria, o que, aunque la tengan, no están preparados para utilizarla”, subraya Comas.

De los 152 países de los que hay datos actualmente, 100 de ellos han subido secuencias de menos del 1% de los casos notificados a GISAID. Países tan grandes, y con tanta transmisión del virus, como India, Rusia o Brasil, han compartido secuencias de menos del 0,1% de los casos. El 82% del millón y medio de secuencias compartidas en la base de datos de GISAID las han subido entre diez países desarrollados. 

Dice la OMS que están “trabajando para cambiar esta situación”. Y Comas nos explica que “durante mucho tiempo se ha estado promocionando el dotar de esas capacidades de vigilancia genómica a todas esas regiones del mundo que no la tienen. Y hay que seguir haciéndolo. Pero a corto plazo, el problema no tiene solución”.

¿De qué estamos hablando cuando hablamos de mejorar capacidades? Un dato: los secuenciadores de última generación cuestan 274.000 euros. “Estamos hablando de inversión, de dinero, pero no sólo. En muchos países, además, tienes un problema de recursos humanos, necesitas tener gente preparada. Ha habido iniciativas para formarles en los últimos años, pero no es fácil. Y además tienes que tener la capacidad y la logística no sólo para conseguir las muestras, sino para transportarlas, conservarlas… y tienes que tener acceso también los reactivos (que además tienen que estar a menos 20 grados, en los países de África imagínate…)”.

Pero es precisamente en esos países donde tiene más sentido secuenciar. “Sería clave mejorar la secuenciación en todos los países donde hay una transmisión descontrolada, porque es donde el virus va a encontrar la posibilidad de mutar”, advierte Comas. “Cada vez que el virus se trasmite es como la lotería, compro un ticket. Si se transmite mucho, vas a tener muchos más tickets”. ¿Para qué? Para conseguir una variante.

Porque coincide que los países con escasa secuenciación también tienen poco o ningún acceso a las vacunas. Y a medida que allí el virus se replica sin control, se convierten en caldo de cultivo para nuevos mutantes, que luego pueden extenderse por todo el mundo. Es lo que ha ocurrido en India. El 11 de mayo, la OMS clasificó a la nueva variante B1617 como “preocupante”, asegura que es “altamente transmisible” y ya se ha extendido a varias decenas de países.

En países como Bangladesh, Sri Lanka o Camboya aún no ha detectado la variante india, pero eso no significa que no se haya infiltrado ya, porque la secuenciación es mínima. “Estamos rodeados por India y la gente entra y sale todo el tiempo”, dice Senjuti Saha, genetista molecular de la Child Health Research Foundation de Daca. Menos del 1% de los casos confirmados en Bangladesh han sido secuenciados.

Ante este panorama, el biólogo sueco Gytis Dudas lo tiene claro. “Sería mucho más interesante secuenciar los últimos 1000 casos de la República Centroafricana que los próximos 100.000 casos en Alemania", dice. Y Comas pone otro ejemplo. “El mes pasado, en Tanzania, se descubrió una variante con 23 mutaciones nada menos. Es una burrada, aunque de momento está calificada como variante de interés”. La pregunta que nos hacemos es ¿cuándo acabará realmente la pandemia? ¿cuándo dejarán de aparecer variantes "preocupantes", si no se están pudiendo detectar a tiempo?

“El espacio de variantes que existe es finito, el virus no puede seguir acumulando mutaciones para siempre, y además solo unas pocas le conferirán una ventaja. Llevamos cuatro preocupantes, pero fíjate todas las que han ido apareciendo en el camino”, tranquiliza Comas. “Al final, los países que más secuencian son los que hacen un poco de centinela”.

Es el papel que están jugando países como Reino Unido o EE.UU. Pero mientras, en Asia, cientos de investigadores se están dejando la piel para ampliar lo más rápido posible sus capacidades de secuenciación. En algunos casos, trabajan 24 horas al día. Y en todos, con recursos insuficientes.

“Es importante aumentar nuestra secuenciación para asegurarnos de poder detectar estas variantes –como la india- en la comunidad lo antes posible”, explica en Nature la inmunóloga de Sri Lanka Neelika Malavige. Su laboratorio – el único de ese país que secuencia SARS-CoV-2- está duplicando el número de muestras secuenciadas.

“La secuenciación siempre ha sido importante, pero ahora es fundamental, porque estamos llegando a una etapa en la que están apareciendo más y más variantes nuevas”, advierte en Nature Gavin Smith, biólogo de la Escuela de Medicina Duke–NUS en Singapur. "Necesitamos datos de secuenciación para saber qué está pasando".

Comas es optimista, a pesar de que el panorama no invita a ello. “Mi impresión es que estábamos en una carrera entre vacuna y variantes, pero a la velocidad que vamos, probablemente muchas de las variantes que ahora nos preocupan van a tener un impacto muy menor”. ¿Las vacunas están ganando la carrera a las variantes?, nos preguntamos. “De momento parece que sí, porque las que están circulando se pueden neutralizar con las vacunas. Incluso la india”.

Las vacunas son clave, insiste el investigador, pero no sólo. “Con una vacunación suficientemente importante y también manteniendo unas ciertas medidas -hasta que tengamos una buena evidencia de que las vacunas paran la transmisión- yo creo que todas las variantes que existen ahora mismo pueden ser controladas”. El “ahora mismo” es importante. “Al menos, las que conocemos a fecha de hoy”, puntualiza.

Con respecto a la variante india, lanza un mensaje de tranquilidad: "El destino de las variantes no esta escrito, una cosa es que sea más transmisible y otra que no la podemos controlar".